De 1964 jusqu'au 31 mars 1996, l'Association du Musée acadien incorporée a assuré la gestion du Musée acadien et du Centre de recherches acadiennes. Elle joue maintenant un rôle d'aviseur. Cette association est un organisme à but non lucratif et ses membres proviennent des cinq régions acadiennes de l'Île-du-Prince-Édouard : Tignish, la région Évangéline, Summerside-Miscouche, Rustico et Charlottetown-Souris. Toute personne ou tout organisme qui désire participer aux oeuvres de l'Association peut devenir membre. Aux assises annuelles, les membres élisent les dix membres du Conseil d'administration qui, par la suite, élisent les officiers du Comité exécutif.

Voici les membres du Conseil d'administration de l'Association du Musée acadien incorporée de l'Île-du-Prince-Édouard :

Depuis le 1er avril 1996, le Musée acadien est un des sept sites du Musée et la Fondation du patrimoine de l'Île-du-Prince-Édouard, le système provincial de musées, qui joue un rôle administratif. Ainsi, la directrice du Musée acadien relève du directeur général du Musée et la Fondation du patrimoine de l'Île-du-Prince-Édouard. Dans cette nouvelle entente, l'Association du Musée acadien incorporée est responsable d'aviser le Musée et la Fondation du patrimoine de l'Île-du-Prince-Édouard sur les opérations dans tous les secteurs du Musée acadien et du Centre de recherches acadiennes, en particulier les collections, les expositions et la programmation. L'Association est aussi responsable d'appuyer financièrement les opérations du Musée acadien. Elle a également retenu la propriété de l'édifice, des collections, de l'équipement et de son fonds de fiducie.